"Il y avait un projet. Le projet de réunir un groupe de personnes hors du commun, à notre disposition pour livrer les batailles qu'on ne pourrait gagner. C'était le projet Initiative : les Avengers."
Nick Fury


Suite à l'effort combiné de Captaine America, Iron Man, Thor, Hulk, Œil de Faucon et la Veuve Noire pour empêcher l'extermination de l'espèce humaine par Loki et l'armée des Chitauri, la Terre retrouva sa paix initiale car, désormais, protégée. Mais si ses alliés avaient été détruits tout comme ses rêves de domination, Loki est aujourd'hui de retour. Bien décidé à se venger par tous les moyens possibles... Si les Avengers se sont alliés les uns aux autres pour obtenir la victoire, pourquoi n'en serait-il pas de même pour lui ? Et cette fois-ci, face à des ennemis tels que Magnéto, Docteur Fatalis, Red Skull et bien d'autres, tous fermement déterminés à en finir avec l'équipe des Avengers, la victoire s'avérera bien plus difficile à obtenir...

Mais toute guerre comporte des pertes et c'est lors d'une attaque surprise de Loki et ses alliés qu'une précieuse alliée du SHIELD, Maria Hill, perdit la vie. Une perte qui, bien loin de décourager nos héros, poussèrent ceux-ci à se lancer corps et âme dans cette nouvelle bataille. Les X-Men de Charles Xavier, les Quatres Fantastiques et bien d'autres super-héros sont alors venus grossir leur rangs. Soudés ou même en héros solitaires, tous ont un seul et même objectif : remporter cette guerre. Quel camp choisirez-vous ? Celui des Avengers, des X-Men ou même des gentils héros qui préfère faire leur route en solitaire ayant tous pour but de restaurer la paix, ou celui de Loki et de ses alliés maléfiques, unis pour dominer le monde ? La guerre a débuté, faites votre choix...